La Villa contaba con una capilla en honor del Beato Julián desde 1650, pero esta quedó arruinada en 1831. Habría de pasar una década hasta que se acordase construirla de nueva planta. La ermita se fue terminando poco a poco y vemos como el 7 de agosto de 1844 se había colocado la veleta que hay encima de la cúpula de la Capilla Mayor donada por el Duque, y que había sufrido problemas con el aire. Y al igual que la vez anterior se realizó gracias a las aportaciones vecinales, a las que se unieron otro tipo de ayudas. El Cabildo contribuyó con una importante aportación, lo mismo que había hecho para la beatificación.
Las puertas fueron instaladas el 3 de septiembre de 1845, construidas en la Villa de Almazán concertadas por el Ayuntamiento en trescientos maravedíes, pero como no fueron realizadas según el encargo, se ajustó finalmente en la cantidad de doscientos cuarenta. La obra se finalizó el 26 de septiembre de 1845.
El día 27 de septiembre fue bendecida la nueva capilla de acuerdo con el ritual romano, por D. Salvador Sant, y se trasladó la imagen del beato que había estado en el lado del evangelio del altar mayor de la Colegial catorce años.
El 22 de agosto del año siguiente de 1846 se instaló el Cancel, que se encontraba en el convento de San Francisco extramuros de la Villa, y que había sido adquirido por el Ayuntamiento cuando expulsaron a los frailes.
El pueblo de Medinaceli deseaba que los restos mortales del beato fuesen trasladados desde Alcalá de Henares, y para ello en sesión del Cabildo el 12 de septiembre de 1848 se nombró una comisión para que acompañase a su Abad D. Salvador Sant a la mencionada ciudad universitaria. La gestión no alcanzó su propósito pues el presidente del Cabildo Magistral de Alcalá, D. Miguel Herrand solo les ofrecía la mitad de las reliquias sin la urna. Esta situación creó problemas entre el vecindario y la comisión.
Fue pasando el tiempo sin que nadie se atreviese a instar la ejecución de la orden de traslado, hasta que el Prelado propuso al Ayuntamiento solicitar al obispo de Madrid-Alcalá la entrega de tan preciado tesoro. Gracias a las gestiones de D. Toribio Minguela y D. Quintín Ramírez finalmente accedieron a la solicitud. Y el día 23 (de año desconocido) se organizó una comitiva para dirigirse a la ermita del Humilladero a recibir al Sr. Obispo llegado en tren, que entregó la urna que contenía los preciados restos del Hijo Ilustre el bienaventurado Julián de San Agustín, y que fue trasladada a la iglesia parroquial y por la tarde llevada a la ermita del Beato. En la torre sur de la catedral de Sigüenza se ubica un campanillo con el nombre del Beato Julián de San Agustín de Medinaceli, fechado en 1941.